[FilleZilla]
http://sourceforge.jp/projects/filezilla/ (日本語版)
http://filezilla-project.org/
UbuntuでデフォルトになってるUTF-8対応とSFTP対応が嬉しいWindows用FTPクライアントFileZillaです。コマンドラインで使うときの情報があまり見当たらなかったので探しました。英語しか見つからなかったけど、まぁそんなに複雑じゃなさそうだし見ればわかるでしょ。
http://wiki.filezilla-project.org/Command-line_arguments_(Client)